Das Dreikönigskloster in Polozk wurde 1582 gegründet. Die Epiphaniaskirche wurde im 16. Jahrhundert als hölzerner Kirchenbau für eine russisch-orthodoxe Bruderschaft errichtet. Angrenzende hölzerne Gebäude kamen hinzu und beherbergten neben den Klosterräumlichkeiten und Mönchszellen auch eine theologische Schule. Hier lehrte von 1656 bis 1659 der bedeutende Polozker Dichter, Schriftsteller und Mönch Simeon Polozki (1629-1680). Jahrhundertelang war das Kloster das Zentrum des russisch-orthodoxen religiösen Lebens in Polozk.

1682 und 1775 brannten die hölzernen Gebäude nieder, und 1761 wurde mit dem Bau einer steinernen Kirche begonnen – ebenfalls unterbrochen durch einen Brand im Folgejahr, ehe die Weihe 1777 erfolgen konnte. Fertiggestellt wurde das Gotteshaus erst 1779, als Polozk bereits zum Russischen Reich gehörte. In den folgenden Jahren wurde auch das Kloster mit der angegliederten Klosterschule nach Plänen des italienischen Baumeisters Giacomo Antonio Domenico Quarenghi (1744-1817) neu errichtet.

Das Klostergebäude beherbergte außer den Mönchszellen und der Wohnung des Abtes zwei beheizte Winterkirchen. Auch eine Schule (betrieben zwischen 1784 und 1791 und 1812 und 1900) und das städtische Armenhaus, das zwischen 1792 und 1812 bestand, befanden sich in seinen Mauern.

Während der Oktoberrevolution wurde das Kloster geschlossen, doch in der Dreikönigskirche fanden weiterhin Gottesdienste statt. Später teilte das Kloster das Schicksal anderer Sakralbauten auf sowjetrussischem Gebiet. Die Kirche wurde in den 1930-er Jahren zur Turnhalle umfunktioniert und fand noch in den 1980-er Jahren als Kunst- und Ausstellungshalle Verwendung, nachdem sie zuvor grundlegend restauriert worden war.

1991 wurde das Gotteshaus an die Gläubigen zurückgegeben und steht seither unter dem Patronat der Diözese von Polozk. Die Kirche beherbergt berühmte Ikonen, unter denen die Ikone der Gottesmutter „Freude aller Trauernden“ bei den Gläubigen besondere Verehrung genießt. Im einstigen Wohn- und Wirtschaftsgebäude sind ein Buchdruck-Museum und eine Bibliothek untergebracht.