Das russisch-orthodoxe Dreikönigskloster in Polozk wurde 1582 gegründet. Die hölzerne Epiphaniaskirche und weitere Gebäude beherbergten die Mönchszellen und eine theologische Schule. Hier lehrte von 1656 bis 1659 der bedeutende Polozker Dichter, Schriftsteller und Mönch Simeon Polozki (1629-1680). Jahrhundertelang war das Kloster das Zentrum des russisch-orthodoxen religiösen Lebens in Polozk.

Doch das Kloster fiel 1682 und 1775 zwei Bränden zum Opfer. Bereits 1761 hatte man mit dem Bau der steinernen Dreikönigskirche begonnen, die 1777 geweiht, aber erst zwei Jahre später endgültig fertiggestellt wurde. Zu dieser Zeit gehörte Polozk bereits zum Russischen Reich. In den folgenden Jahren wurde auch das Kloster mit der angegliederten Klosterschule nach Plänen des italienischen Baumeisters Giacomo Antonio Domenico Quarenghi (1744-1817) neu errichtet.

Das Klostergebäude beherbergte außer den Mönchszellen und der Wohnung des Abtes zwei beheizte Winterkirchen, eine Schule (betrieben zwischen 1784 und 1791 und 1812 und 1900) und das städtische Armenhaus, das zwischen 1792 und 1812 bestand. Heute sind hier ein Buchdruck-Museum und eine Bibliothek untergebracht.

Während der Oktoberrevolution wurde das Kloster geschlossen, doch in der Dreikönigskirche fanden weiterhin Gottesdienste statt. Später teilte sie das Schicksal vieler Sakralbauten auf sowjetrussischem Gebiet, wurde in den 1930-er Jahren zur Turnhalle umfunktioniert, bevor sie seit den 1980-er Jahren als Ausstellungshalle Verwendung fand (immerhin wurde sie in dieser Zeit grundlegend restauriert).

1991 wurde das Gotteshaus an die Gläubigen zurückgegeben und steht seither unter dem Patronat der Diözese von Polozk. Die Kirche nennt berühmte Ikonen ihr eigen; die Ikone der Gottesmutter „Freude aller Trauernden“ genießt besondere Verehrung.